1937年抗日戰(zhàn)爭爆發(fā),鄧寶珊就任第21軍團團長,進駐榆林,抗擊來犯日軍。不久,又改任晉陜綏邊區(qū)總司令。大敵當前,主動協(xié)調各方面的關系,同高雙成、傅作義、山西新軍、綏遠蒙古公密切合作,尤其是與陜甘寧邊區(qū)和平相處,始終保持睦鄰友好關系。他同毛澤東、朱德、周恩來等中共領導人建立起親密友誼。1949年底,毛澤東親筆致函鄧寶珊說:“八年抗戰(zhàn),先生支持北線,保護邊區(qū),為德之大,更不敢忘!